原因としては、二つが挙げられます

まず、キリスト教の禁教政策にある、第二は幕府が貿易利益を独占するためで、貿易に関係している西国の大名が富強になる子を恐れて、盛んになった貿易を幕府の統制下に置こうとした。そのため、1616年に、ヨーロッパ船の寄港地を平戸と長崎に制限し、1624に、西班牙船の来航を禁じた、続いて、1633に、俸書船以外の日本船の海外渡航と在外日本人の帰国も禁止し、明船の寄港を長崎に限った。

さらに、島原の乱が起こり、幕府はますますキリスト教を恐れたこともあり、ポルトガル船を禁止し、平戸のオランダ商館を長崎の出島に移し、日本人との自由な交流を禁じた。以後の200あまりの間、オランダ、中国、朝鮮以外の諸国との交渉を閉ざすことになった。幕府は鎖国によって、幕府の統制力がいっそう強化した。

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