本来、「とんでも」、「ない」と別の品詞に分けられないため、「ない」の部分だけを丁寧にして「ございません」とするのは正しくありません。しかし、「とんでもないことでございます」または「とんでもないことです」と言い換えると、かえって不自然に響いてしまうのではないでしょうか。文化庁の「敬語の指針」でも、「とんでもございません」は、使ってもよい敬語とされており、適切な状況であれば、ビジネスシーンで使っても問題はありません。
<例文>
「今回のプロジェクトが大きな成功を収めたのは、君のおかげだ。」 「とんでもございません。」