「神の前では皆平等」というキリスト教の考えが、士農工商の制度に反した、それに引き替え、日本を神国と宣言した幕府はこれを害と判断し、天下統一や江戸幕府の全国支配にとって不都合ということが分かる
キリスト教の宣教師が、欧米列強の植民地に加担していたので、日本も欧米列強の植民地になる可能性があり、キリスト教の信仰を禁止したというのが主だった理由
その他にも、キリシタン大名が長崎をイエズス会領として寄進したり、キリシタン大名領でキリスト教信者による、寺社仏閣に対する破壊活動があったりと、いろいろ理由がある。